Iritrovamenti archeologici indicano che il Bhutan era molto probabilmente abitato già nel 2000 a.C. Il buddhismo venne probabilmente introdotto nel II secolo, anche se per tradizione la sua diffusione nel paese viene fatta risalire alla prima visita del Guru Rimpoche, nell'VIII secolo.
Il Guru Rimpoche è la figura più importante della storia del Bhutan ed è considerato un secondo Buddha. I suoi poteri miracolosi comprendono la capacità di assoggettare i demoni e gli spiriti maligni; inoltre, riuscì a conservare i suoi insegnamenti e la sua saggezza nascondendoli sotto forma di terma (tesori nascosti) che vennero ritrovati più tardi da alcuni esploratori illuminati chiamati terton. Uno dei terton più famosi è Pema Lingpa: i testi e gli oggetti da lui trovati, le danze religiose da lui composte e le opere d'arte da lui realizzate sono una parte vitale dell'eredità vivente del Bhutan.
Prima del XVI secolo, nelle diverse valli del Bhutan governavano numerosi clan e famiglie nobili, sempre in discordia fra loro e con il Tibet. La situazione cambiò nel 1616, con l'arrivo di Ngawang Namgyal, un monaco proveniente dalla scuola di buddhismo Drukpa Kagyu in Tibet. Egli insegnò in tutta la regione e presto divenne il capo religioso del Bhutan con il titolo di Shadbrung Rimpoche. Represse gli attacchi dei lama rivali e delle forze tibetane e trasformò le valli meridionali in un paese unito chiamato Druk Yul ('Terra del Dragone'). Il sistema politico da lui introdotto durò fino all'inizio del XX secolo, ma l'annuncio della sua morte, avvenuta nel 1705, fu seguito da 200 anni di conflitti interni e lotta politica.
L'instabilità del paese durò fino al 1907, con l'elezione di Ugyen Wangchuck a governatore ereditario del Bhutan, elezione avvenuta con voto unanime da parte dei capi e dei principali lama del paese. Venne quindi incoronato il primo re ed ebbe inizio la dinastia Wangchuck. Nel corso dei quarant'anni successivi, il re e il suo erede, re Jingme Wangchuck, portarono l'intero paese sotto il controllo diretto della monarchia. Nel momento dell'indipendenza, nel 1947, l'India riconobbe il Bhutan come stato sovrano.
Il terzo re, Jigme Dorje Wangchuck, è considerato il Padre del Bhutan moderno, grazie ai piani di sviluppo da lui avviati. Quando la Cina assunse il controllo del Tibet, la politica di totale isolamento del Bhutan perse il suo fascino e nel 1971 il paese fu formalmente ammesso a far parte delle Nazioni Unite. Il sovrano attuale, Sua Maestà il re Jigme Singye, sta portando avanti una politica di sviluppo controllato concentrata in particolare sulla difesa dell'ambiente e della cultura peculiare del Bhutan. Tra i suoi ideali spiccano l'autosufficienza economica e quella che egli definisce 'Felicità Interna Lorda'.
La sua incoronazione, avvenuta il 2 giugno del 1974, fu la prima occasione in cui i media furono ammessi all'interno del paese e segnò il debutto del Bhutan sulla scena mondiale. Il primo gruppo di turisti paganti arrivò qualche mese dopo.
Per tradizione, i 'lyonpo' (membri del Consiglio dei Ministri) venivano nominati dal re e rimanevano in carica per cinque anni. Solitamente, i lyonpo venivano rieletti e la stabilità politica senza pari degli ultimi vent'anni ha permesso al Bhutan di fare costanti progressi, grazie anche alla sua politica di modernizzazione controllata. Il lyonpo Dawa Tsering è entrato a far parte del Guinness dei Primati come Ministro degli Esteri che è stato in carica più a lungo (1972-1998). Con un'importante riforma politica avvenuta nel 1998, il re dissolse il Consiglio dei Ministri e annunciò che i ministri, che in precedenza venivano nominati da lui, d'ora in poi avrebbero dovuto partecipare a elezioni pubbliche. Il gabinetto così composto viene presieduto da un presidente di turno.

In occasione del decimo incontro bilaterale, tenutosi nel dicembre del 2000, Nepal e Bhutan hanno compiuto passi significativi per risolvere la questione dei profughi nepalesi. Entrambe le parti hanno concordemente avviato un processo unitario di verifica delle condizioni di vita negli accampamenti dei rifugiati in Nepal, in previsione di un loro rimpatrio in Bhutan.
Tra il 1960 e il 1970, decine di migliaia di nepalesi si erano stabiliti in Bhutan attirati da contratti di lavoro per costruire nuovi insediamenti nel sud del paese. Ma l'alta prolificità di questa comunità di lavoratori nepalesi - i quali richiedevano un riconoscimento e un particolare status politico, minacciando di sovvertire l'ordine interno del paese che definivano non democratico - mise in allarme i bhutanesi del nord, facendoli sentire quasi una minoranza.
Alla fine degli anni '80, una legge sui diritti di cittadinanza diede l'avvio a una sorta di epurazione che colpì i nepalesi di lingua Lhotsampa, residenti in prevalenza nel sud-est del paese. Per risolvere la questione dello stato legale della comunità, il governo stabilì che la popolazione di origine nepalese avrebbe ottenuto la cittadinanza solamente se fosse riuscita a dimostrare di essere in possesso di una 'land tax receipt', un documento che attestava una proprietà terriera antecedente il 1958. Di conseguenza o per non essere stati in grado di esibire il documento richiesto o per essere stati costretti a lasciare in ogni caso il paese, circa centomila profughi bhutano-nepalesi vivono oggi nell'est del Nepal dove, essendo per l'appunto rifugiati, non sono riconosciuti nemmeno dal governo nepalese e non godono di alcun diritto. Pertanto essi sono sotto la protezione dell'Acnur (Alto commissariato per i rifugiati delle Nazioni Unite).
Anche i rappresentanti dell'Unione Europea a Kathmandu si sono, recentemente, fatti portavoce presso il governo nepalese e quello bhutanese affinché raggiungano accordi e trovino soluzioni per mettere fine alla intollerabile condizione dei rifugiati.

Dal 1990, nel sud del paese, hanno creato basi ben fortificate gruppi quali l'ULFA (Fronte unito di liberazione per l'Assam) e il Bodo National Front (Fronte nazional-democratico del Bodoland, la 'nazione' dell'etnia bodo) che dal Bhutan gestiscono le loro operazioni per ottenere l'indipendenza dall'India. Il governo di Delhi fa pressioni affinché il Bhutan impieghi l'esercito, ma le manovre in tal senso, svolte nell'estate 2002, non hanno ottenuto l'allontanamento dei ribelli dal Bhutan.
La tensione nei campi rifugiati del Nepal orientale è aumentata tra i giovani profughi bhutanesi attratti dai gruppi politici in esilio e i gruppi di opposizione armata operanti nella zona, compreso il Partito comunista del Nepal (Cpn - maoista).

'Bhutan: un'odissea visiva attraverso l'ultimo regno himalayano', scritto dal professor Michael Hawley del Mit (Massachusetts Institut of technology) è un libro alto 1,52 metri, largo 2,13 metri, pesa 60,32 chilogrammi, custodisce 100 pagine di immagini straordinarie e costa 10.000 dollari. L'autore lo ha donato, nel maggio 2004, alla biblioteca nazionale di Thimphu e il ricavato delle altre copie viene devoluto al ministero della cultura bhutanese.